[0:03]et notamment l'activer l'activation euh euh des des senseurs de l'ADN et de l'ARN dont MDA5, cGAS et autres.
[0:16]Euh et c'est et et vraiment ces travaux sur les 20 30 dernières années, on ont pu euh commencer à à à mettre en place une certaine compréhension euh de leur rôle à la fois en homéostasie mais également dans des situations pathologiques. Euh et cette revue qui date de maintenant euh 10 ans de Georges Cassiotis à Londres et je je la conseille vivement car euh car elle elle met en place euh beaucoup euh d'éléments, un framework que que nous sommes toujours en train d'essayer de comprendre et euh d'expérimentalement démontrer. Euh ce qu'on sait euh actuellement, c'est que ces rétroéléments ont plusieurs niveaux d'expression et sont extrêmement régulés. Euh ces niveaux là d'expression ont un rôle euh très important euh lors de la timopoyèse euh et notamment la sélection euh euh négative. Euh leur expression joue un rôle très très important euh dans l'immunité des barrières et dans la relation avec le microbiote et je vais revenir là-dessus sur des travaux de Yasmine Belkaid et son équipe. Euh et euh et euh de plus en plus euh euh de de travaux démontrent que leur expression est également dérégulée dans certaines auto-immunité et maladies inflammatoires chroniques. Euh mais alors de façon un peu plus euh euh si on si on prend euh les choses de d'un peu plus loin, quand est-ce qu'ils sont exprimés ? Euh ce qu'on sait euh c'est que les rétroéléments sont sont sont exprimés lors du développement embryonnaire et il y a il y a tout un pan de la littérature qui sont concentre sur l'expression lors du développement embryonnaire avec un un vrai rôle dans la décision euh euh euh du du destin des cellules, des premières cellules lors du développement embryonnaire. On sait qu'ils ont un rôle très important euh euh euh dans la différenciation euh euh des neurones et euh il y a une littérature qui émerge euh sur leur rôle euh dans le développement des des maladies neurodégénératives, notamment la maladie d'Alzheimer. Et et aujourd'hui, j'aimerais vous donner un peu plus euh euh d'éléments euh pour comprendre leur rôle euh dans la sénescence, euh dans l'immunité des barrières mais également dans l'hématopoïèse. Et donc à travers ces et ces trois euh vignettes en quelque sorte, je vais présenter euh un deux papiers par vignette rapidement évidemment, juste pour vous donner une idée des grands principes de compréhension euh et l'état actuel des connaissances euh dans ces dans dans dans ces chapitres là. Alors on parle d'abord de la sénescence, euh qu'est-ce que c'est la sénescence ? La sénescence c'est un état d'arrêt du cycle cellulaire irréversible euh souvent provoqué euh par une situation de stress euh génétique euh ou de prolifération ou de prolifération excessive. On sait qu'avec l'âge euh les cellules sénescentes s'accumulent euh dans la plupart des organes, euh mais il est important juste pour longtemps euh leur rôle, le rôle des cellules sénescentes a été sous-estimé car quand on regardait en histologie mais également en en en en imagerie un peu plus poussée, on le retrouve que très très peu de cellules sénescentes euh dans les organes dans un vieillissement euh euh naturel. Ce qu'on a compris par la suite, il y a à peu près une vingtaine d'années que les cellules sénescentes ont une capacité de produire ce qu'on appelle euh un un un un SASP, euh un ensemble de protéines euh souvent inflammatoires de cytokine et de et de et de chimioquine euh qui ont la capacité euh de créer un environnement inflammatoire tout autour. Donc quelques cellules sénescentes peuvent accélérer le dysfonctionnement de tout un organe. On sait également beaucoup de travaux s'intéressent à ces questions que si on target spécifiquement ces quelques cellules sénescentes euh dans le poumon ou dans le tissu vasculaire ou dans le rein, on peut améliorer la fonction des organes et certains euh et certains arguments qu'on pourrait même prolonger euh les médianes de vie euh des euh des modèles animaux.
[4:33]Euh et euh donc pourquoi je vous parle de la sénescence car un article qui est maintenant sorti en 2019 euh euh s'est posé la question du rôle euh de de l'expression des rétroéléments euh lors euh de la sénescence. Et euh donc ils ont pris des fibroblastes humains. ils les ont mis en culture dans des conditions euh euh euh définies dans l'article. Euh ils les ont poussé à la prolifération et euh à partir de quelques semaines, euh ces cellules de ces fibroblastes humains primaires euh rentrent en sénescence. Il y a plusieurs phases et ils définissent ces ces différentes phases de la sénescence, euh l'entrée euh dans la sénescence, euh la première phase, puis un un état de euh sénescence précoce et puis un état de sénescence tardive. Et ces états là sont définis par l'expression finalement de ce de ce de un certain nombre de gènes qui définissent euh le SASP. Et quand on voit très vite euh lors de l'entrée euh euh dans la sénescence, il y a une expression euh des inhibiteurs du cycle cellulaire, notamment P21 P16 qui qui définissent l'état de sénescence. Et puis euh euh assez vite les cellules se mettent à exprimer un programme inflammatoire avec euh dans un premier temps IL1 beta, IL6 et puis d'autres chimiokines et puis de façon tardive euh les cellules se mettent à exprimer un programme euh antiviral. caractérisé par la production d'interféron de type 1. Ils se sont donc posé la question qu'est-ce qui pourrait activer ce ce programme et évidemment, c'est un programme antiviral, donc on pense aux acides nucléiques et donc ils ont pensé euh à ces euh euh à ces rétroéléments. Euh et ils ont alors mesuré l'expression de LINE1, donc c'est c'est cette classe de rétroéléments euh et et ils voient apparaître euh au cours de la sénescence, au cours de la progression de la sénescence, l'expression de LINE1, euh à la fois euh sous la forme d'ARN mais également sous la forme d'ADN, euh ce qui met euh euh ce qui démontre euh indirectement la présence d'une activité de rétrotranscriptase inverse.
[6:53]Euh à la suite dans cet article, évidemment, je vous je vais pas vous présenter tout l'article, ils se sont posé la question, puisqu'il y a l'existence euh de ces euh de cet ADN euh qui est la signature d'une activité d'une rétrotranscriptase, euh euh est-ce qu'on pourrait l'inhiber ? Et comme vous le savez, euh des des inhibiteurs de la reverse transcriptase existent, ce sont les traitements euh du VIH et euh de l'hépatite B. Euh et et et ce qu'il euh démontrent in vitro encore une fois, euh dans plusieurs euh modèles de sénescence et je vous en présente que quelques-uns, c'est que traiter ces cellules sénescentes euh par euh euh la lamivudine euh diminue la production euh d'interféron de type 1, mais également diminue la production de certaines cytokines inflammatoires qui apparaissent un peu plus tardivement et non pas des cellules des et non pas les cytokines inflammatoires qui apparaissent euh euh euh lors de la sénescence précoce. Euh ce qui est important, ce qu'il démontre également, c'est que la présence de LINE1 ne ne ne n'est pas à la cause de l'entrée en sénescence, en tout cas de la reverse transcriptase de la LINE1, mais euh mais permet la progression d'un état de sénescence précoce à un état de sénescence tardive.
[8:20]Euh et donc euh in vivo, cela se traduit quand on traite des souris euh par de la lamivudine, in vivo, cela se traduit par une diminution euh euh de l'expression euh d'un profil inflammatoire euh des organes qui apparaît avec ce qu'on appelle l'inflammaging euh de nos jours.
[8:40]On a une diminution euh euh euh de l'expression de certaines cytokines inflammatoires et non pas euh de la sénescence elle-même, donc c'est vraiment euh en tout cas ce qui argumente cet article là que le le le les rétroéléments euh euh donne euh le profil inflammatoire euh interféron de type 1 euh aux cellules aux cellules sénescentes.
[10:10]Euh donc cet article est sorti en 2019, d'autres l'ont confirmé mais surtout euh euh il y a cette idée euh euh qui émerge euh que euh que les acides nucléiques sont partis euh euh sont présents de façon continue euh dans une euh cellule, dans un au niveau d'un organe, euh mais qu'il existe une forme de threshold euh à ne pas dépasser. Et c'est ce threshold là qui est un peu déréglé avec l'âge et à partir d'un certain niveau d'acide nucléique, notamment dont la source en tout cas partielle euh et euh provient de de de ces rétroéléments, on se retrouve dans une situation d'activation excessive euh de ces senseurs et l'apparition d'un d'un d'un milieu inflammatoire qui favorise le vieillissement et l'apparition des maladies associées à l'âge. Euh un autre article est sorti euh euh en 2023 euh dans Cell qui a regardé l'autre euh euh famille euh de rétroéléments qui est celle des euh euh LTR. Euh et a identifié notamment ERV K euh chez l'homme encore une fois, euh étant exprimé dans les cellules sénescentes et notamment HERV K a la capacité euh non seulement d'activer au sein de la cellule euh le SASP, mais également euh de transmettre euh dans des cellules voisines euh par l'infection de ces nouveaux pro virus, de transmettre un état de sénescence euh dans des cellules plus jeunes euh avoisinantes.
[11:51]Euh et là aussi on utilise on utilise la de reverse transcriptase pour bloquer ce cycle cellulaire et empêcher donc euh la cette état pro inflammatoire associé à la sénescence. Euh donc euh euh nous on s'est intéressé à cette question en labo euh notamment sur le d'un point de vue plus pathologique. Et et on connaît le rôle de la sénescence notamment dans dans l'apparition euh des des de la fibrose. On sait que la fibrose est est est est est est euh fuelled, enfin euh stimulée euh par l'état de sénescence, par un état pro-inflammatoire, euh une diminution des capacités réparatrices euh du tissu, euh qui favorise l'accumulation d'un certain nombre de facteurs pro-fibrosants notamment TGF beta. Euh la fibrose est aujourd'hui un un un euh une pathologie qui touche absolument tous les organes euh et selon certains données épidémiologiques, elle est responsable euh de 45 % euh des mortalités euh euh des mortalités. Euh et donc on s'est posé la question de savoir, est-ce que euh euh au vu euh du rôle de la sénescence dans le développement de la fibrose, euh et au vu euh de euh du du euh du euh de du rôle des rétroéléments euh dans la euh dans la progression de la sénescence, si nous pouvions diminuer la fibrose par un traitement par le traitement par des reverse transcriptase inhibiteurs ? Et donc on a mis au point un modèle qui est largement utilisé pour euh la fibrose euh pulmonaire, euh où on on on on on on on on on on on on on traite des souris par des inhibiteurs de la transcriptase inverse et on les stimule par de la bléomycine. Et puis on regarde, on on on fait une cinétique et puis on regarde l'installation de la fibrose. Donc euh je vous montre vraiment rapidement quelques résultats que nous avons.
[13:50]Nous avons un impact sur la mortalité euh des souris mais également sur euh l'histologie même quand on traite les souris par de la reverse par des reverse transcriptase euh notamment une combinaison de de la lavudine et de la stavudine, on on diminue euh l'installation euh d'une fibrose euh chez ces souris là. Euh on a également mis au point un un un modèle de fibrose euh hépatique et là aussi quand on traite les souris euh par des inhibiteurs de la transcriptase inverse, on diminue euh l'installation euh d'une fibrose hépatique euh euh chez ces souris là. Euh donc euh je vous passe euh les données plus mécanistiques mais le modèle euh sur lequel nous travaillons, euh c'est qu'avec euh l'injury mais également euh avec l'âge, euh les rétroéléments sont exprimés au niveau du stroma euh pulmonaire ou hépatique. Ils activent la voix sting euh et notamment un programme inflammatoire des euh et euh et les voix de l'interféron de type 1. Euh ces voix reprogramment euh à la fois les macrophages résidents mais également euh les macrophages, les monocytes infiltrants euh le tissu, euh qui euh deviennent profibrosant et entretiennent euh dans ce sens euh l'installation d'une préfibrose et la progression de la fibrose. Euh et puis en dernière vignette, en deuxième vignette, je voulais vous parler un petit peu euh de l'immunité des barrières. Euh et notamment de la relation entre euh les barrières immunitaires, le microbiome et le rôle des rétroéléments dans cette relation. Euh donc euh donc comme vous le savez, c'est une relation euh euh qui est compliquée et notamment une grande question, même si on a beaucoup d'éléments de réponse, une grande question persiste, c'est de savoir comment se fait-il euh que le le microbiote euh euh n'emballe pas le système immunitaire. Quels sont les éléments qui permettent de réguler cette relation entre euh éléments euh microbiologiques et activation du système immunitaire. L'équipe de Yasmine Belkaid, maintenant il y a quelques années, se sont posé cette question et euh se sont donc intéressés à un un un modèle euh de euh colonisation par du staff epidermidis euh de la peau. Euh dans ce modèle là, quand on quand on donne, quand on associe du staff au niveau de la peau des souris, on voit apparaître au bout de deux trois semaines de façon euh euh très reproductible, une signature TH17.
[16:33]Euh à la fois sur les les CD4, les CD8 mais également euh sur les les MAIT. Ils ont décidé alors de de se sont posé la question de savoir qu'est-ce qui se passe euh plutôt au niveau du kératinocyte qui euh qui euh dicte euh cette réponse euh IL17, qui est une réponse euh pro-réparation et qui permet un peu de de régler l'homéostasie euh du tissu. Euh et donc ils ont fait un un RNA-seq et euh en en analysant les différences en présence ou non euh du staff, euh une des premières euh signature était une une signature euh antivirale, notamment interféron de type 1 euh et de. Euh ils se sont alors posé la question comme dans l'autre papier, quel est l'origine de cette signature d'interféron de type 1 ? Quels sont les les les les éléments viraux finalement qui activent cette signature ? Euh là, ils démontrent que cette réponse interféron dicte euh le le la polarisation TH17 euh des des lymphocytes qui infiltre le tissu. Euh et donc ils ont regardé spécifiquement l'expression des rétroéléments. Euh et et on vu une up-régulation de plusieurs euh familles de rétroéléments euh notamment au niveau du kératinocyte. Euh et euh l'étape euh naturelle d'après euh était de de bloquer un peu euh le cycle cellulaire euh de cycle euh de ces rétroéléments, notamment par des antirétroviraux. Là, ils ont utilisé une autre association que la nôtre, mais euh en en en donnant euh des antirétroviraux aux souris en même temps que le staff, il diminuait euh l'infiltration des lymphocytes et notamment leur polarisation euh IL17. Euh alors euh euh ils poussent un peu plus la les mécanismes, un peu comme euh nous, enfin, nous on fait un peu comme eux, c'est-à-dire ils regardent quelles sont les les les les senseurs euh ils démontrent que que que cette voie est dépendante de cGAS, de STING, euh des DNA sensors. Euh et puis ils établissent euh je vous passe un peu euh toutes les données, un modèle euh dans lequel euh l'idée que le microbiote euh notamment à travers TLR2 euh active euh l'expression euh de certains rétroéléments. Euh cette activation euh euh permet de stimuler un programme interféron de type 1 et ce programme interféron de type 1 reprogramme les cellules dendritiques euh et leur permet d'aller activer euh euh des euh lymphocytes TH17, euh permettant ainsi euh une euh une une homéostasie immunitaire. Donc malgré la présence de ce staff, euh pas de grande euh réaction inflammatoire, notamment pathologique. Ils se sont donc posé la question à la suite, et si on poussait le système euh euh dans une situation plus inflammatoire, plus pathologique ? Il y a un modèle qui existe euh qui est celui euh euh où on fait exactement la même chose mais dans des souris euh chez qui euh on leur a donné euh un un un high fat diet. Euh donc elles vont elles vont un peu dérégler euh euh euh le système, elles vont grossir un petit peu également et c'est une association qui est également épidémiologique, c'est-à-dire euh que chez les personnes en en surpoids, on retrouve beaucoup plus de maladies inflammatoires euh de la peau. Donc c'est quelque chose qu'on peut reproduire chez la souris et effectivement, quand on regarde chez la souris, euh le staff qui est initialement ne fait que euh ne fait que euh attirer et polariser les TH17 sans euh sans inflammation, une inflammation qu'on peut mesurer par l'épaisseur de la peau. En présence du high fat diet, euh cette inflammation devient euh pathologique.
[20:32]Euh et euh avec ce modèle euh en place, ils ont refait un peu les mêmes manips et démontrent que la présence du high fat diet euh a exacerbé euh l'expression euh des rétroéléments euh de façon excessive euh et exacerbé euh une réponse interféron de type 1 euh qui devient à ce moment-là pathologique. Et on peut diminuer euh ces effets pathologiques, encore une fois, en utilisant les différents knockout de l'avant interféron. mais aussi en utilisant les antirétroviraux.
[21:05]Euh et donc euh cet article met un peu les bases, à mon avis, en tout cas, un peu les bases euh de l'importance à la fois euh proméostatique mais également euh pathologique euh des niveaux d'expression des rétroéléments euh dans l'immunité des barrières. Et il y a actuellement un travail qui arrive euh qui est très intéressant de la même équipe euh qui démontre également le rôle des rétroéléments dans la tolérance euh aux antigènes alimentaires. Euh et enfin, je voulais vous parler troisième vignette, euh notamment du rôle des rétroéléments dans l'hématopoïèse, le système immunitaire euh fait partie de euh du système hématopoïétique, euh et donc on s'y intéresse particulièrement. Euh donc euh euh beaucoup de travaux se sont intéressés aux rétroéléments euh euh notamment les équipes françaises euh mais euh je vous présenterai un article qui euh qui euh qui a fait pas mal de bruit l'année dernière et notamment le rôle des rétrotransposons euh dans l'activation de l'érythropoïèse euh la grosse. En fait, ils sont partis d'un constat. Il y a euh lors de la grossesse, l'apparition d'une anémie euh qui n'est qui qui n'apparaît pas chez tout le monde, mais en tout cas, on l'associe souvent comme vous le savez cliniquement à cette anémie de diminution. Mais quelles sont ces conséquences sur l'activation euh euh de la différenciation érythroïde ? Euh ils se sont donc posé cette question là et la première chose qu'ils ont commencé à faire, c'est ils ont purifié euh des cellules souches hématopoïétiques euh d'une souris euh non enceinte versus une souris enceinte. Et quand ils ont purifié ces cellules souches hématopoïétiques et ils ont regardé euh euh les différentes expressions euh des programmes euh transcriptionnels euh ce qui retrouve up-régulé euh chez les et les cellules souches hématopoïétiques issues de la souris enceinte, euh était en premier lieu euh les familles de euh euh de de rétroéléments notamment rétrovirus mais également euh les LINE. Ils se sont donc posé la question de savoir euh s'ils pouvaient euh euh euh euh reproduire un peu cet état euh de grossesse par une imprégnation en œstrogène et donc ils ont donné de façon continue de l'œstrogène des œstrogènes aux souris euh et euh là encore, ils activent l'érythropoïèse et ils voient également une up-régulation euh des euh éléments transposons. Uniquement euh par une stimulation euh par œstradiol.
[23:58]Euh et évidemment, encore une fois, ils se sont posé la question du rôle euh de la transcriptase inverse et quand quand ils traitent des souris enceintes euh donc une souris enceinte euh va activer notamment l'hématopoïèse et en particulier l'érythropoïèse, identifiée par la présence massive euh euh de progéniteurs érythroïdes euh CD71 et Ter119. Mais la présence de reverse transcriptase inverse euh a diminué l'expansion euh de ces progéniteurs là. Ils vont également que euh que cette voie dépend encore une fois de la voie cGAS-STING, de la production d'interféron de type 1. Mais ce qui est intéressant dans le papier, c'est qu'ils vont aller jusqu'à euh l'homme et quand ils regardent dans des euh progéniteurs circulant, euh la signature euh de progéniteurs circulant euh chez euh chez une femme enceinte versus non enceinte, on voit une up-régulation également massive, notamment de la famille des LINE. Et quand ils comparent euh euh la signature interféron selon la présence d'une signature euh euh en rétroéléments, ils voient qu'elle est associée, en tout cas corrélée euh à la présence de ces rétroéléments. Et ce qui est intéressant, ce qu'ils ont réussi à avoir, même si même si c'est toujours compliqué, même si les contrôles ne sont pas tout à fait euh ne sont pas tout à fait précis, euh c'est c'est d'avoir une cohorte longitudinale euh de patientes euh euh traitées ou non euh pendant la grossesse euh par des reverse transcriptase inverse, on voit que la présence de reverse transcriptase inverse, puisqu'elle empêche euh euh l'érythropoïèse, accentue une anémie. Euh et euh donc nous euh nous et beaucoup d'autres équipes s'intéressent donc à à à à avoir une plus grande idée de ce que font euh les rétroéléments lors de l'hématopoïèse. Et un des modèles qui est proposé, c'est qu'une combinaison d'expression des rétroéléments lors de la réarchie de l'hématopoïèse, détermine euh les différentes voies de différenciation, le choix notamment du destin cellulaire euh d'une d'une cellule souche et d'un progéniteur hématopoïétique. Et donc pour pour faire ce travail, on s'est dans un premier temps posé la question de savoir si on sorte ces différentes populations. Euh ces différents progéniteurs et qu'on regarde uniquement en bulk euh leur profil transcriptionnel en rétroéléments, est-ce qu'on peut les différencier de façon non biaisée uniquement par l'expression des rétroéléments ? Et c'est quelque chose qu'on qu'on qui était pour nous un très frappant, c'est-à-dire le profil d'expression en rétroélément des différentes populations euh euh est suffisant, indépendamment de l'expression transcriptionnelle du profil transcriptionnel euh du génome codant euh de ces cellules là, indépendant, était suffisant suffisant pour séparer et identifier les différents populations.
[27:34]Donc voilà, je vous ai parlé de plusieurs articles, je vous ai remis ici quelques références. Il y a évidemment des dizaines et des dizaines euh d'articles en plus euh qui euh qui euh qui discutent les différents points que je vous ai présenté, mais j'ai un peu mis en avant, je pense, en tout cas, en ce qui concerne les articles qui ont vraiment influencé euh euh qui ont vraiment mis les bases de certains grands concepts dans dans ce domaine là. Euh et euh et voilà. Donc avec ça, je voudrais remercier avant tout euh euh euh ma ma mentor Miriam Merad ici au Mont Sinaï et les différents collaborateurs qui ont pu nous aider lors euh sur les différentes expériences et projets que nous on fait et je remercie les organisateurs de m'avoir donné cette opportunité. Merci beaucoup.
[28:24]Merci beaucoup Nader pour euh pour ce super overview, c'est exactement le genre de concepts qu'on qu'on qu'on qu'on qui nous intéresse et c'est justement d'essayer d'avoir un overview sur le domaine pour les non-spécialistes.
[28:40]euh et là ça fait vraiment un super et puis des données super excitantes là que tu nous montres sur lequel j'aurai quelques questions mais je vais peut-être laisser passer laisser la parole à d'autres avant moi et puis je sais pas si tu avais des des questions euh et les autres, n'hésitez pas à lever la main pour prendre la parole ou poser des questions dans le chat si vous préférez.
[29:31]Nader, merci beaucoup pour votre présentation. En effet, on avait discuté une petite partie des des transposons.
[29:37]Je suis pas spécialiste des transposons, mais j'ai deux deux questions vraiment naïves. La première, c'est j'ai compris dans les maladies auto-immunes, il y avait des papiers qui ont décrit la présence surtout des ERV, par exemple, chez des patients lupiques par rapport au contrôle du labo de Akiko Iwasaki de Yale. Et un an après, il y avait un papier de PNAS, donc en 2019, qui semblait un peu critiquer les techniques utilisées pour mapper les ERV, les techniques de séquençage et en montrant que selon la technique de séquençage, Hi-C ou je sais pas euh l'autre technique, euh les résultats peuvent être complètement différents. Et c'est ça en fait qui biaise le résultat infini. Donc je sais pas votre avis et c'est la première première question et la deuxième question, donc vous nous avez et surtout bien montré que, enfin bien expliqué au début dans l'intro que les transposons peuvent selon leur forme générer soit de l'ADN double brin, soit l'ARN double brin, soit simple brin, activer différents senseurs.
[30:42]Oui, les deux questions sont sont sont essentielles, je pense. Pour la première question, alors je je connais les travaux d'Akiko, je n'étais pas au courant qu'il y avait eu une critique, mais c'est c'est c'est une des des limitations que nous avons dans ce domaine. Euh c'est un domaine qui a beaucoup de limitations euh le il y a les les limitations computationnelles, technologiques. Euh comme vous l'avez compris, les rétroéléments euh ou les éléments transposons en général sont un ensemble de séquences répétées qui ont envahi le génome, qu'on retrouve un peu partout dans le génome. Alors comment faire dans nos techniques de séquençage, notamment lors de l'étape de filtration, d'alignement, euh de faire la différence entre ce qui est dû à des duplicatas, entre ce qui est dû euh à à à juste des éléments répétés, entre de pouvoir les localiser, quelles sont les locus différents. Et c'est pour ça aujourd'hui, on considère que la le gold standard, en tout cas pour moi, c'est le bulk RNA-seq. Euh avec une certaine profondeur de séquençage et de longueurs des reads, ce qui permet d'avoir avec une certaine confiance euh de dire voilà, j'ai identifié ce rétroélément qui se retrouve à ce locus là du génome.
[32:31]Donc on fait l'analyse plutôt en sous-famille plutôt qu'en locus. Euh mais c'est effectivement et je pense qu'il y a beaucoup de choses à remettre en question dans la littérature, d'autres à confirmer, euh avec l'amélioration des techniques de séquençage, mais surtout l'amélioration des pipelines d'analyse. Donc ça c'est pour répondre à la première question euh euh d'Akiko euh sur les travaux d'Akiko. Euh donc je ne sais pas après, j'ai j'ai pas regardé en détail pour savoir si en tout cas si je je moi je remets en en question ces ces travaux là. Et en ce qui concerne le senseing effectivement, beaucoup de travaux s'intéressent aujourd'hui à Sting, euh pour la raison que j'ai essayé de mettre en avant, c'est si on on espère que une drogue qui est qui est aujourd'hui utilisée largement, qui qui sont utilisées largement, qui sont les reverse transcriptase inverse marche. On on s'intéresse donc plutôt euh euh au sensing de l'ADN puisque on bloque cette reverse transcription de l'ARN à l'ADN et donc on s'intéresse plutôt à à à à ce sensing là et donc majoritairement au sensing par Sting. Donc je pense que les que les publications sont biaisées un peu par ces questions là. Euh targetter euh MDA5 ou autre est beaucoup plus difficile donc mettre en évidence des phénotypes dans ces voies là et est plus difficile. Mais il y a notamment des équipes françaises euh euh que ça soit à l'IGFL, euh Françoise Porte euh mais aussi à Nice, euh Ireni Trompoky qui démontre euh que euh lors de l'activation euh des cellules souches hématopoïétiques, mais vraiment des HSCs. Euh il y a une accumulation, une réactivation des des rétroéléments et notamment une accumulation d'ARN qui active la voie et Mavs et qui permet l'activation des HSCs qui et la régénération et leur et l'activation de leur capacité régénérative. Et dans un papier plus récent que j'ai référencé à la fin, euh Bergo et al, euh il démontre que euh qu'avec l'âge, euh il y a une accumulation euh de ces acides nucléiques euh et une activation de la voie MDA5, qui fait que les HSCs sont un peu plus fatigués avec l'âge. Et si on knockout MDA5, euh on rajeunit le système hématopoïétique. Donc il y a des choses qui se font aussi sur euh sur le plan des autres senseurs. Euh oui, tout à fait. Merci beaucoup.
[35:07]Bonjour, moi j'avais une question. Bonjour Nader, bonjour Samuel. Euh mais merci beaucoup pour la présentation, c'est vraiment intéressant. Je connais pas c'est vraiment un domaine que je maîtrise pas. J'avais deux questions. Euh est-ce qu'on est donc j'ai bien compris qu'il y avait des contextes un peu physiologiques euh dans laquelle on identifie l'expression de ces rétroéléments. Et aussi pathologiques, et est-ce qu'on est-ce qu'on a une idée de des mécanismes qui conduisent à ce que des cellules puissent exprimer euh ces rétroéléments et ce serait comment entre les différents contextes ? Euh, ça c'est et est-ce qu'on euh c'est peut-être que je l'ai raté, mais c'est ma première question. Et ma deuxième question c'était par rapport aux donc c'est les cellules qui ont cette qui expriment ces rétroéléments, elles vont avoir ce phénotype SASP, mais est-ce qu'on connaît d'autres modifications de leurs propriétés biologiques, par exemple la survie à l'apoptose, la prolifération, des choses comme ça ? Est-ce qu'il y a d'autres, merci. Non, mais c'est une question très très importante et tes deux questions sont tout à fait liées, c'est-à-dire euh comme je le disais au début, l'expression des rétroéléments, ils représente plus de 50 % du génome, donc euh l'évolution est faite en sorte que leur expression est tout à fait réglementée en quelque sorte. Et elle dépend euh des profils de métilation euh euh et notamment de l'activité de certains facteurs de transcription ou de méthyltransférase euh qui qui régule leur expression de façon très précise. Et notamment on sait que pendant le développement embryonnaire, euh certaines euh certains membres de la famille des DNMT, par exemple, euh va vont permettre l'expression euh de de des rétroéléments pour permettre la spécification des lignées embryonnaire. Mais ça, ça nous ramène donc euh à la fois en homéostasie, euh il y a des travaux notamment de l'équipe d'Amigo de Curix qui démontre que dans certaines situations d'activation lymphocytaire, mais aussi d'activation d'activation de certains LTR, c'est euh c'est euh epigenetic modifier. Leur expression est régulée, ce qui permet de doser l'expression des rétroéléments un peu ce que a montré Yasmine Belkaid et son équipe de l'active, activer en même temps que l'activation par exemple de la voie NF-kB par TLR4, l'activation d'une d'une voie interféron de type 1 euh par Sting ou autre.
[37:37]Et donc d'orchestrer des réponses un peu plus euh précises. Mais ce qui se passe avec le vieillissement est totalement différent. C'est-à-dire, on sait qu'avec le vieillissement, d'ailleurs beaucoup de choses qui se passent lors du vieillissement ne sont pas du tout réglementées de la même sorte puisqu'ils ne sont pas soumis aux mêmes pressions de sélection. Le vieillissement et au-delà euh de l'âge reproductif. Et donc euh l'expression de ces rétroéléments euh devient euh un peu, je vais pas dire chaotique, mais en tout cas, progressivement chaotique euh et donc euh et c'est à ce moment-là qu'on révèle euh leur contribution pathologique. Et et même si c'est encore une une hypothèse, mais il y a quelques papiers qui qui le démontrent en quelque sorte. Euh l'hématopoïèse clonale est un peu un peu l'expression euh de de de cette voie là, notamment DNMT3A qui est qui est qui est la mutation la plus fréquente euh lors de l'hématopoïèse clonale, donc qui concerne des des à peu près 15 20 % au-delà de l'âge de 70 ans. DNMT3A régule euh le profil épigénétique, notamment les profils de métilation de beaucoup de rétroéléments et certains papiers démontrent que euh c'est un moyen pour favoriser euh le fitness clonal des cellules qui expriment euh qui qui ont la mutation de DNMT3A, qui permet l'activation des rétroéléments et favoriser l'expansion clonale de l'extension clonale.
[39:27]Et donc il y a des exemples comme comme comme tu dis que que l'expression de ces rétroéléments euh puisse en tout cas dans des situations spécifiques euh puisse modifier euh les les dynamiques clonales des cellules.
[40:48]Non, tout à fait. Alors ce qu'on voit c'est qu'à partir de on peut le faire jusqu'à J1 post Bleo, ça marche encore, à partir de J3 post Bleo, ça marche plus.
[41:00]Euh et donc après le c'est un modèle murin, la Bleo c'est c'est un peu un bazooka pour les souris. Euh probablement dans une situation euh euh pathologique euh humaine, que ça soit dans euh la fibrose idiopathique mais également dans les connectivités, c'est la la le l'injuri est constant et euh évolue par vague mais il est répété, donc c'est pas juste un seul injuri et et et les choses s'installent. Donc on sait pas, on sait pas si on pourrait avoir une action euh curative euh ni préventive d'ailleurs chez l'homme, mais c'est clairement quelque chose qu'on va essayer donc là on discute avec les pneumologues au Mont Sinaï pour pour pour lancer un un un essai pilote déjà euh biologique pour avoir des prélèvements et regarder euh ce qui se passe au niveau de l'homme et euh et puis idéalement de pousser un peu plus les choses sur une phase euh de type phase 2. Euh mais ouais. Non, on verra.
[45:25]Merci beaucoup. Est-ce qu'il reste des questions ou des commentaires euh sur euh sur cette super discussion. Euh en attendant que ça vienne, euh merci, c'était super les résultats là sur la fibrose sont super intéressants et très prometteurs.
[45:46]Euh est-ce que tu as j'avais j'ai cru comprendre que tu étais en préventif, c'est-à-dire que tu fais d'abord le traitement et ensuite les éléments fibrosant ? Est-ce que tu as utilisé ça en curatif parce qu'évidemment, ce serait très joli de pouvoir montrer la régression de la fibrose que peu de monde arrive à à faire.
[46:47]Non, tout à fait. Alors oui, je l'ai essayé. Alors ce qu'on voit, c'est qu'à partir de on peut le faire jusqu'à J1 post-Bléot, ça marche encore. À partir de J3 post-Bléot, ça marche plus. Euh et donc après le c'est un modèle murin, la Bléos c'est c'est un peu un bazooka pour les souris. Euh, mais euh probablement dans une situation euh euh pathologique euh humaine, que ça soit dans euh la fibrose idiopathique, mais également dans les connectivites, c'est la la le l'injury est constant et euh évolue par vague, mais il est répété, donc c'est pas juste un seul injury et et et les choses s'installent. Donc on sait pas, on sait pas si on pourrait avoir une action euh curative euh ni préventive d'ailleurs chez l'homme, mais c'est clairement quelque chose qu'on va essayer. Donc là, on discute avec les pneumologues au Mont Sinaï pour pour pour lancer un un un essai pilote déjà euh biologique pour avoir des prélèvements et regarder euh ce qui se passe au niveau de l'homme, euh et puis idéalement de pousser un peu plus les choses sur une phase euh de type phase 2. Euh, mais oui.
[48:57]Non, je crois. Non non non, bah euh non. On commencera pas la situation politique même si le revirement dans lequel je suis est très privilégié. Euh, mais euh et je rentre dans un environnement privilégié puisque je vais monter mon labo à l'Institut Pasteur l'année prochaine. Donc d'ailleurs si certains s'intéressent à ces questions là, n'hésitez pas à me contacter. Euh et euh et puis euh je serais en médecine interne à Cochin et euh et voilà, donc c'est un peu le métier de rêve. Donc je rentre sans hésitation.
